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功能和浓度分析的GO注释北京百泰公园生物技术有限公司实验计划和外包

时间:2019-08-01 07:26 来源:365bet体育在线投注 作者:365bet体育投注平台 阅读:
图1不同表达蛋白质的GO二级注释
注意:横坐标是GO分类,纵坐标的左边是蛋白质数量的百分比,右边是蛋白质的数量。
该图显示了GO蛋白的二级功能(两个调节方向的每个次级功能的状态,以及具有不同比例差异的次级功能),通过差异表达调节,并且通过增加调节蛋白的表达减少。。与蛋白质下调趋势不同,分析这种功能是否与差异有关是很重要的。
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GOlevels分类表
根据GO节点在不同级别评分的蛋白质数量,选择20个节点并GO显示,如图所示。
图2:不同蛋白质水平的注释结果的统计结果
注意:横坐标是浓缩蛋白质的百分比,纵坐标在最大水平上从小到大组织。
不同的水平以不同的颜色显示,每列后的数字是该类别中的蛋白质的数量。
3
蛋白质浓度分析topGO
Baitai Parker使用topGO浓缩差异表达的蛋白质并显着富集GO部分中差异表达的蛋白质。
在GO系统中已经大大增强的节点的分层关系以有向无环图的形式可视地显示。
由topGO驱动的非循环图可以直观地显示GO节点(Term)和差异表达基因之间的层次关系。它是差异表达基因的GO富集分析结果的图形表示。分支表示从上到下定义的包含关系功能描述的范围变得越来越具体。
在有向无环图中,箭头表示包含关系。换句话说,节点的所有基因也在其上级节点处注释。
差异表达蛋白的topGO分子的功能指导的非循环图如下。
图3.富含差异表达的topGO蛋白的定向非环状图(分子功能)
注意:对于要加强的每个GO节点,前10个节点在图表中表示,每个层的对应关系也包含在图中。
GO节点内容描述和浓度重要性值显示在每个帧(或椭圆)中。
不同的颜色有不同的浓缩增强。颜色越深,越明显。


(责任编辑:admin)

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